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書誌情報サマリ

タイトル

ゲノム多様性解析

人名 長田 直樹／編著
人名ヨミ オサダ ナオキ
出版者・発行者 森北出版
出版年月 2025.3

書誌詳細

この資料の書誌詳細情報です。

書誌種別 図書
タイトル ゲノム多様性解析
並列タイトル GENOME DIVERSITY ANALYSIS
タイトルヨミ ゲノム タヨウセイ カイセキ
人名 長田 直樹／編著 　 藤本 明洋／著 　 河合 洋介／著 　 五條堀 淳／著 　 東野 俊英／著 　 木村 亮介／著 　 松波 雅俊／著
人名ヨミ オサダ ナオキ　フジモト アキヒロ　カワイ ヨウスケ　ゴジョウボリ ジュン　ヒガシノ トシヒデ　キムラ リョウスケ　マツナミ マサトシ
出版者・発行者 森北出版
出版者・発行者等ヨミ モリキタ シュッパン
出版地・発行地 東京
出版・発行年月 2025.3
ページ数または枚数・巻数 7,242p
大きさ 21cm
価格 ￥４５００
ISBN 978-4-627-26171-6
ISBN 4-627-26171-6
注記 文献:章末
分類記号 467.3
件名 ゲノム ／ バイオインフォマティクス
内容紹介 バイオインフォマティクス・進化遺伝学の知識をフォローしつつ、「ゲノム多様性解析」を基礎から丁寧に解説。サンプルゲノムデータとソフトウェアによる、様々な解析の実践法も取り上げる。
著者紹介 東京大学大学院理学系研究科博士課程修了。北海道大学大学院情報科学研究院准教授。博士(理学)。
言語区分 JPN
タイトルコード 1009812836420
目次 1.はじめに
1.1 ゲノム多様性解析とは／1.2 本書で用いるデータセット／参考文献
2.シークエンスデータとクオリティチェック
2.1 シークエンスデータとは／2.2 シークエンスデータの操作／参考文献
3.多型の検出
3.1 多型とは／3.2 データのフォーマット／3.3 シークエンスデータ解析／参考文献
4.ハプロタイプ解析
4.1 ハプロタイプとゲノム多様性／4.2 Beagleによるフェージング／参考文献
5.表現型の解析
5.1 表現型の特性と解析／5.2 ヒトの表現型のGWAS／参考文献
6.集団の多様性解析
6.1 多様性を記述する／6.2 多様性の記述からわかること／6.3 VCFtools/bcftoolsによる各種要約統計量の算出／参考文献
7.集団構造の可視化
7.1 集団構造を可視化する方法／7.2 遺伝距離を用いた階層的クラスタリング／7.3 遺伝モデルベースのクラスタリング解析／7.4 多変量解析／7.5 解析結果を解釈するうえでの注意点／7.6 ゲノムデータを用いた集団構造の可視化／参考文献
8.集団サイズの推定
8.1 集団サイズとゲノム多様性／8.2 集団サイズの推定／参考文献
9.集団の分岐・混合
9.1 集団とは／9.2 アレル頻度の時間による変化／9.3 集団の混合／9.4 アレル頻度を用いた多集団解析／参考文献
10.正の自然選択の検出
10.1 正の自然選択と遺伝的多様性／10.2 アウトライヤーアプローチと検定アプローチ／10.3 統計量を用いた正の自然選択の検出／10.4 VCFtools/selscanを用いた正の自然選択の検出／参考文献
11.ターゲットシークエンシング
11.1 ターゲットシークエンシングの原理と手法／11.2 StacksによるRAD‐seq解析／参考文献
12.分岐年代の推定
12.1 分岐年代の推定とは／12.2 集団の分岐年代推定はなぜ難しいのか／12.3 分岐年代推定に必要なデータ／12.4 分岐年代推定の方法／参考文献
A.解析環境の構築
A.1 Windowsでの環境構築／A.2 Condaを用いた解析環境の構築／A.3 Condaを用いた仮想環境の切り替え／A.4 Dockerによる解析環境の利用
B.各種ソフトウェアのインストール
C.UN*Xコマンド



目次


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