書誌種別 |
図書 |
タイトル |
分子進化と分子系統学 |
タイトルヨミ |
ブンシ シンカ ト ブンシ ケイトウガク |
人名 |
根井 正利/共著
S.クマー/共著
根井 正利/監訳・改訂
大田 竜也/共訳
竹崎 直子/共訳
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人名ヨミ |
ネイ マサトシ S クマー ネイ マサトシ オオタ タツヤ タケザキ ナオコ |
出版者・発行者 |
培風館
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出版者・発行者等ヨミ |
バイフウカン |
出版地・発行地 |
東京 |
出版・発行年月 |
2006.7 |
ページ数または枚数・巻数 |
11,410p |
大きさ |
22cm |
価格 |
¥7000 |
ISBN |
4-563-07801-8 |
注記 |
原タイトル:Molecular evolution and phylogenetics |
注記 |
文献:p358〜388 |
分類記号 |
467.5
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件名 |
分子進化
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内容紹介 |
分子進化研究に役立つ統計的なデータ解析手法を、近年新たに開発されたものも含めて紹介し、実際の解析の中でどう使いこなすかを説明する。分子進化研究にかかわる学生、研究者必携の書。 |
言語区分 |
jpn |
タイトルコード |
1009810881459 |
目次 |
第1章 進化の分子生物学的基礎 |
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1.1 生命の進化系統樹/1.2 進化の機構/1.3 遺伝子の構造と機能/1.4 DNA配列の変化と突然変異/1.5 コドンとその使用頻度 |
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第2章 アミノ酸配列の進化的変化 |
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2.1 アミノ酸の違いとアミノ酸の異なるサイトの割合/2.2 ポアソン補正(PC)距離とガンマ補正距離/2.3 ブートストラップ分散と共分散/2.4 アミノ酸置換行列/2.5 突然変異率と遺伝子の置換速度 |
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第3章 塩基配列の進化的変化 |
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3.1 塩基配列間の違い/3.2 塩基置換数の推定/3.3 ガンマ補正距離/3.4 進化距離の推定/3.5 塩基配列のアラインメント/3.6 進化距離を推定する場合の配列ギャップの扱い方 |
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第4章 同義および非同義塩基置換数 |
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4.1 進化経路法/4.2 Kimuraのモデルに基づいた方法/4.3 コドンの第一,第二および第三ポジションでの塩基置換/4.4 最尤法による推定 |
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第5章 系統樹 |
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5.1 系統樹の種類/5.2 樹形の違い/5.3 系統樹作成法/5.4 系統樹作成法に関する論争 |
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第6章 系統樹の推定:距離法 |
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6.1 UPGMA/6.2 最小二乗(LS:least squares)法/6.3 最小進化(ME:minimum evolution)法/6.4 近隣結合(NJ:neighbor‐joining)法/6.5 系統樹作成に適当な進化距離 |
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第7章 系統樹の推定:最節約法 |
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7.1 最節約(MP)系統樹の作成原理/7.2 MP系統樹の検索方法/7.3 コンセンサス系統樹/7.4 枝長の推定/7.5 加重節約法/7.6 アミノ酸配列を用いたMP法/7.7 共有派生形質 |
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第8章 系統樹の推定:最尤法 |
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8.1 ML法の計算手続き/8.2 塩基置換モデル/8.3 タンパクデータを用いた最尤法/8.4 最尤法の理論的基礎/8.5 特定の樹形でのパラメーター推定/8.6 ベイズ法による系統樹作成 |
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第9章 系統樹の精度と統計的検定 |
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9.1 最適化原理と樹形の誤り/9.2 内部枝検定/9.3 ブートストラップ検定/9.4 樹形の違いの検定/9.5 様々な系統樹作成法の長所と短所 |
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第10章 分子時計と線形化系統樹 |
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10.1 分子時計仮説/10.2 相対速度検定/10.3 系統樹を用いた検定/10.4 線形化系統樹/10.5 分子時計が成り立たない揚合の進化時間の推定 |
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第11章 祖先タンパクのアミノ酸配列と自然選択 |
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11.1 祖先配列の推測:節約法/11.2 祖先配列の推測:ベイズ法/11.3 祖先の枝で生じた同義置換数と非同義置換数/11.4 各コドン・サイトにおける自然選択/11.5 収斂進化と平行進化 |
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第12章 遺伝的多型と進化 |
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12.1 遺伝的多型の進化的意義/12.2 遺伝子頻度データの解析/12.3 分集団における遺伝的多様性/12.4 多くの遺伝子座での遺伝的変異/12.5 DNA多型/12.6 自然選択を検出するための統計的方法 |
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第13章 遺伝的マーカーによる集団系統樹 |
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13.1 遺伝子頻度データのための遺伝距離/13.2 制限酵素による塩基配列の解析/13.3 RAPDデータの解析 |
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第14章 将来への展望 |
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14.1 統計的方法/14.2 ゲノム計画/14.3 分子生物学と進化 |
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付録 |
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A 数学記号と数学表記/B 地質年代/C 新生代と中生代の地質学的できごと/D 化石データに基づく生物進化上のできごと |