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資料の状態
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| No. |
資料番号 |
資料種別 |
請求記号 |
配架場所 |
状態 |
貸出
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| 1 |
0008983397 | 図書一般 | 431.1/ﾅｶ08/ | 書庫 | 貸出可 |
○ |
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書誌情報サマリ
| タイトル |
すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル
|
| 人名 |
長岡 正隆／編著
|
| 人名ヨミ |
ナガオカ マサタカ |
| 出版者・発行者 |
講談社
|
| 出版年月 |
2008.12 |
書誌詳細
この資料の書誌詳細情報です。
| 書誌種別 |
図書 |
| タイトル |
すぐできる分子シミュレーションビギナーズマニュアル |
| 並列タイトル |
An Easy Guide to Molecular Simulations |
| タイトルヨミ |
スグ デキル ブンシ シミュレーション ビギナース マニュアル |
| 人名 |
長岡 正隆／編著
|
| 人名ヨミ |
ナガオカ マサタカ |
| 出版者・発行者 |
講談社
|
| 出版者・発行者等ヨミ |
コウダンシャ |
| 出版地・発行地 |
東京 |
| 出版・発行年月 |
2008.12 |
| ページ数または枚数・巻数 |
10,291p |
| 大きさ |
21cm |
| 価格 |
￥４５００ |
| ISBN |
978-4-06-154356-0 |
| ISBN |
4-06-154356-0 |
| 付属資料 |
DVD-ROM(1枚 12cm) |
| 注記 |
複合媒体資料 |
| 分類記号 |
431.1
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| 件名 |
分子構造
／
シミュレーション
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| 内容紹介 |
分子の構造からタンパク質の性質まで、分子シミュレーションを学ぶ際によく浮かぶ疑問(FAQ)について、分子シミュレーションプログラム「AMBER」の利用方法を交えながら具体的に解説する。 |
| 言語区分 |
jpn |
| タイトルコード |
1009811137808 |
| 目次 |
A章 分子シミュレーションの基礎知識 |
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A1 分子シミュレーションとは何ですか?／A2 分子動力学法とは何ですか?／A3 分子力場とは何ですか?／A4 分子動力学法で使う近似について教えてください／A5 分子動力学法とモンテカルロ法はどこが違うのですか?／A6 分子動力学法では電子の運動はどうなっているのですか?／A7 分子動力学法では温度や圧力はどうなっているのですか?／A8 熱浴制御について教えてください／A9 どのような実験値が計算できるか教えてください／A10 自由エネルギー計算について教えてください／A11 単位についての注意点を教えてください／A12 実験値との比較について教えてください |
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B章 計算環境のセットアップ |
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B1 一度,分子シミュレーションを試してみたいのですが／B2 どのような分子シミュレーションプログラムがありますか?／B3 AMBERについて教えてください／B4 AMBERのバージョンによる違いを教えてください／B5 端末からサーバーを利用する方法を教えてください／B6 AMBERのインストールの仕方を教えてください／B7 マルチコアCPUで並列化したいのですが／B8 計算機ノード間で並列化したいのですが／B9 計算結果を可視化するためのソフトウェアを教えてください |
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C章 計算を始めてみよう |
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C1 計算の一連の流れを教えてください／C2 計算の実行方法を教えてください／C3 AMBERのインプットファイルについて教えてください／C4 AMBERのインプットファイルの作り方を教えてください／C5 力場の設定方法を教えてください／C6 AMBERのアウトプットファイルについて教えてください／C7 VMDで可視化を行うときのコツを教えてください／C8 分子運動の動画を作る方法を教えてください／C9 平衡化計算について教えてください／C10 エネルギー変化について知りたいのですが／C11 拡散係数の求め方を教えてください／C12 動径分布関数について教えてください／C13 対象系のサイズと計算時間の関係を教えてください／C14 エラーの意味と対処法を教えてください |
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D章 孤立分子系や気相分子系を取り扱ってみよう |
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D1 孤立分子系の計算手順を教えてください／D2 分子内力場について教えてください／D3 エネルギー最小化について教えてください／D4 配座異性体の安定性について教えてください／D5 気相分子系の計算手順を教えてください／D6 古典分子動力学法では反応を扱うことはできないのですか?／D7 基準振動解析について教えてください／D8 化学平衡の取り扱い方を教えてください |
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E章 分子凝縮系を取り扱ってみよう |
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E1 分子凝縮系の計算手順を教えてください／E2 溶媒水分子モデルにはどのような種類がありますか?／E3 周期境界条件を使用するときのポイントを教えてください／E4 溶媒和ボックスについて教えてください／E5 相互作用カットオフや基本セルの大きさはどう決めるのですか?／E6 分子間力場について教えてください／E7 熱平衡状態であるかの判断はどのようにするのですか?／E8 溶媒和構造について教えてください／E9 自由エネルギーを求める具体的手順を教えてください／E10 エワルド計算を行うときの注意点を教えてください／E11 一般化ボルンモデルについて教えてください／E12 溶媒効果について教えてください／E13 電荷やレナード・ジョーンズパラメーターの作り方を教えてください／E14 AMBERにないポテンシャル力場を使うには?／E15 ANTECHAMBERによる力場の作成方法を教えてください |
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F章 生体分子を取り扱ってみよう |
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F1 PDBファイルについて教えてください／F2 生体分子の計算手順を教えてください／F3 アミノ酸配列から初期構造を作成する手順を教えてください／F4 pHの指定はできますか?／F5 N,C末端の状態を指定したいのですが／F6 ジスルフィド結合を含む系を作成したいのですが／F7 変異体の計算をしたいのですが／F8 Water capについて教えてください／F9 RMSフィットについて教えてください／F10 タンパク質の構造変化の算出方法について教えてください／F11 αヘリックスやβシートといった二次構造の判別方法を教えて下さい／F12 溶媒露出面積の計算がしたいのですが／F13 DNA/RNAの計算方法を教えてください／F14 糖鎖の計算方法を教えてください／F15 SHAKE法やRATTLE法を使う意味を教えてください／F16 タンパク質のフォールディングは再現できますか?／F17 リガンドと受容体の親和性を計算したいのですが／F18 脂質膜の計算をしたいのですが／F19 ヘムの力場の使い方を教えてください |
目次
内容細目
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