| 書誌種別 |
図書 |
| タイトル |
分子進化と分子系統学 |
| タイトルヨミ |
ブンシ シンカ ト ブンシ ケイトウガク |
| 人名 |
根井 正利／共著
S.クマー／共著
根井 正利／監訳・改訂
大田 竜也／共訳
竹崎 直子／共訳
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| 人名ヨミ |
ネイ マサトシ S クマー ネイ マサトシ オオタ タツヤ タケザキ ナオコ |
| 出版者・発行者 |
培風館
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| 出版者・発行者等ヨミ |
バイフウカン |
| 出版地・発行地 |
東京 |
| 出版・発行年月 |
2006.7 |
| ページ数または枚数・巻数 |
11,410p |
| 大きさ |
22cm |
| 価格 |
￥７０００ |
| ISBN |
4-563-07801-8 |
| 注記 |
原タイトル:Molecular evolution and phylogenetics |
| 注記 |
文献:p358〜388 |
| 分類記号 |
467.5
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| 件名 |
分子進化
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| 内容紹介 |
分子進化研究に役立つ統計的なデータ解析手法を、近年新たに開発されたものも含めて紹介し、実際の解析の中でどう使いこなすかを説明する。分子進化研究にかかわる学生、研究者必携の書。 |
| 言語区分 |
jpn |
| タイトルコード |
1009810881459 |
| 目次 |
第1章 進化の分子生物学的基礎 |
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1.1 生命の進化系統樹／1.2 進化の機構／1.3 遺伝子の構造と機能／1.4 DNA配列の変化と突然変異／1.5 コドンとその使用頻度 |
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第2章 アミノ酸配列の進化的変化 |
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2.1 アミノ酸の違いとアミノ酸の異なるサイトの割合／2.2 ポアソン補正(PC)距離とガンマ補正距離／2.3 ブートストラップ分散と共分散／2.4 アミノ酸置換行列／2.5 突然変異率と遺伝子の置換速度 |
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第3章 塩基配列の進化的変化 |
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3.1 塩基配列間の違い／3.2 塩基置換数の推定／3.3 ガンマ補正距離／3.4 進化距離の推定／3.5 塩基配列のアラインメント／3.6 進化距離を推定する場合の配列ギャップの扱い方 |
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第4章 同義および非同義塩基置換数 |
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4.1 進化経路法／4.2 Kimuraのモデルに基づいた方法／4.3 コドンの第一,第二および第三ポジションでの塩基置換／4.4 最尤法による推定 |
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第5章 系統樹 |
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5.1 系統樹の種類／5.2 樹形の違い／5.3 系統樹作成法／5.4 系統樹作成法に関する論争 |
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第6章 系統樹の推定:距離法 |
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6.1 UPGMA／6.2 最小二乗(LS:least squares)法／6.3 最小進化(ME:minimum evolution)法／6.4 近隣結合(NJ:neighbor‐joining)法／6.5 系統樹作成に適当な進化距離 |
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第7章 系統樹の推定:最節約法 |
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7.1 最節約(MP)系統樹の作成原理／7.2 MP系統樹の検索方法／7.3 コンセンサス系統樹／7.4 枝長の推定／7.5 加重節約法／7.6 アミノ酸配列を用いたMP法／7.7 共有派生形質 |
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第8章 系統樹の推定:最尤法 |
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8.1 ML法の計算手続き／8.2 塩基置換モデル／8.3 タンパクデータを用いた最尤法／8.4 最尤法の理論的基礎／8.5 特定の樹形でのパラメーター推定／8.6 ベイズ法による系統樹作成 |
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第9章 系統樹の精度と統計的検定 |
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9.1 最適化原理と樹形の誤り／9.2 内部枝検定／9.3 ブートストラップ検定／9.4 樹形の違いの検定／9.5 様々な系統樹作成法の長所と短所 |
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第10章 分子時計と線形化系統樹 |
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10.1 分子時計仮説／10.2 相対速度検定／10.3 系統樹を用いた検定／10.4 線形化系統樹／10.5 分子時計が成り立たない揚合の進化時間の推定 |
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第11章 祖先タンパクのアミノ酸配列と自然選択 |
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11.1 祖先配列の推測:節約法／11.2 祖先配列の推測:ベイズ法／11.3 祖先の枝で生じた同義置換数と非同義置換数／11.4 各コドン・サイトにおける自然選択／11.5 収斂進化と平行進化 |
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第12章 遺伝的多型と進化 |
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12.1 遺伝的多型の進化的意義／12.2 遺伝子頻度データの解析／12.3 分集団における遺伝的多様性／12.4 多くの遺伝子座での遺伝的変異／12.5 DNA多型／12.6 自然選択を検出するための統計的方法 |
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第13章 遺伝的マーカーによる集団系統樹 |
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13.1 遺伝子頻度データのための遺伝距離／13.2 制限酵素による塩基配列の解析／13.3 RAPDデータの解析 |
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第14章 将来への展望 |
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14.1 統計的方法／14.2 ゲノム計画／14.3 分子生物学と進化 |
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付録 |
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A 数学記号と数学表記／B 地質年代／C 新生代と中生代の地質学的できごと／D 化石データに基づく生物進化上のできごと |
